Tomoya Okazaki est un étudiant de troisième année qui n’apprécie pas particulièrement sa vie. Sa mère est morte dans un accident de voiture lorsqu’il était petit, ce qui a fait sombrer son père dans le jeu et l’alcool, causant de nombreuses frictions entre le père et le fils. Dès lors, Tomoya s’éloigna peu à peu de son père et sombra dans la petite délinquance.

Un jour, sur le chemin de l’école, il rencontre une étrange fille appelée Nagisa Furukawa, plus vieille que lui d’un an, qui redouble à cause de sa santé fragile qui l’a obligée à longtemps manquer l’école l’année précédente. À cause de cela, elle est souvent seule et rejetée, ses amis ayant quitté l’école.

Tous deux commencent à passer du temps ensemble et Tomoya voit peu à peu sa vie prendre une nouvelle direction…