Dans un futur lointain, les gens vivent dans des villages souterrains. Par conséquent, ils vivent dans la peur constante des tremblements de terre qui surviennent occasionnellement et ce depuis des centaines d’années. Jeeha est l’un de ces villages.

Un jour Simon, un jeune garçon, découvre un pendentif en forme de foreuse alors qu’il creuse pour permettre à son village de s’agrandir. Au même moment, Kamina, le « frère d’âme » de Simon qui croit qu’au-dessus du village se trouve un autre monde en surface tente de percer un trou dans le plafond du village pour rejoindre la surface.

Soudain, un séisme se produit et apparaît un énorme robot du nom de Ganmen, ce qui confirme à Kamina qu’un autre monde existe bel et bien. Il s’apprête à affronter le robot quand apparaît une jeune fille puissamment armée du nom de Yoko. Celle-ci réussit à immobiliser le robot ce qui permet à Simon de montrer à Kamina et Yoko la trouvaille qu’il a faite. Il s’agit d’un « mini-Ganmen » rapidement baptisé Lagann par Kamina. Celui-ci semble réagir au contact du pendentif trouvé par Simon et se met bientôt en mouvement.
Grâce à lui, le rêve de rejoindre la surface devient réalité. Mais quel genre de monde qui les y attend...