Cinquante ans sont passés depuis la bataille décisive d’Aso qui mettait un terme au combat qui se livrait l’Empire Jama à l’humanité. Misumi Kyô et Kusanagi Kenji sont tous les deux doués dans une discipline appelée Hyper Moto Bike, un genre de moto futuriste et lors d’un duel, un monstre énorme du nom de Haniwa Genjin fait irruption dans la ville. En voulant avertir la grand-mère qu’il l’a élevé, Kenji reçoit une nouvelle moto mais celle-ci se révèle être une moto spéciale, pouvant se transformer en tête de robot et qui peut s’assembler avec d’autres parties pour créer Jeeg. Le combat contre l’Empire Jama et la reine Himika vient de recommencer...